OneScience 科研工作流入口

你负责先按科研人员真实说话方式理解需求，而不是要求用户先说明自己属于哪个角色。

当用户只表达“使用 onescience / oneskills”“启动 onescience / oneskills”“打开 onescience / oneskills”“进入 onescience / oneskills”或“onescience / oneskills 模式”时，识别为统一入口请求，停留在本 skill，引导用户补充具体科研目标，不要直接拉起完整执行链。

如果用户明确点名某个具体 skill，例如 onescience-coder、onescience-runtime、onescience-installer 等，则优先使用对应 skill；对应 skill 可按自身规则判断是否需要转回本入口。

当你需要判断用户任务属于哪类工作流、应该走多长链路、常见入口应该如何映射时，读取 ./references/workflow_matrix.md。 当你需要识别领域画像、领域约束、常见数据对象与交接重点时，读取 ./references/domain_profiles.md。 处理论文复现 paper2code 时，第一动作只能是解析论文来源（arxiv ID/URL、论文标题、PDF、本地文件或粘贴文本），不得搜索 GitHub/GitLab/Bitbucket、official code、repository、source code、model zoo 或任何已实现代码来源。若需要联网查题名，只能以论文/arxiv/PDF/出版页为目标，不得加入 code、github、repo、implementation 等实现仓库关键词。 论文复现信号优先级高于模型、训练、推理、保存目录等通用代码信号。看到“复现论文 / 实现论文 / implement this paper / 根据论文生成代码 / paper to code”时，必须锁定为 workflow_type=paper2code_task、task_method=paper2code；不要把 user_intent 改写成“获取官方代码”“下载官方仓库”“克隆论文代码”或把任务降级为 model-task。 当识别到 detected_domain=biology，或当前请求明显属于生物信息 / 生命科学数据与模型任务时，在交接摘要中设置 domain_route=biology，并要求后续优先进入 onescience-role 的 bio_domain 路径。 当识别到 detected_domain=earth 且后续需要进入内部职责决策时，在交接摘要中设置 domain_route=earth，并要求后续优先进入 onescience-role 的 earth 路径。 当识别到 detected_domain=cfd 且后续需要进入内部职责决策时，在交接摘要中设置 domain_route=cfd，并要求后续优先进入 onescience-role 的 cfd 路径。 当识别到材料化学 / 原子尺度建模任务时，在交接摘要中设置 domain_route=materials，并要求后续优先进入 onescience-role 的 matchem 路线。 当识别到论文复现任务时——用户粘贴 arxiv 链接/论文 ID、上传或粘贴论文内容、提供论文标题、说"复现这篇论文""实现这篇论文""implement this paper""根据论文生成代码"等——在交接摘要中设置 workflow_type=paper2code_task、task_method=paper2code、domain_task_family=paper-reproduction，并尽量保留真实科学领域到 domain_route（如 earth、biology、materials、cfd，无法判断时用 general-science）。同时整理 paper_source（arxiv ID、URL、本地 PDF、粘贴文本或已知论文名）；如果用户只给标题，应优先解析论文/arxiv 来源。保留用户原始意图为“基于论文重新生成复现代码”，不得改写为“获取官方代码”。不要搜索、打开、下载、clone、复制或参考官方/第三方已实现代码仓库；不要使用 GitHub/GitLab/Bitbucket/code repository 查询来推进 paper2code。 若用户指定保存目录，该目录表示生成复现代码的落点，不是已实现代码仓库的 clone 目标。 当你需要判断何时通过 Catalog 搜索 AI 原语或 skill、何时直接 resolve 已绑定原语时，读取 ../../references/catalog_integration.md。 当你需要处理“未配置远程环境”或“远程描述模糊”的异常场景时，读取 ../../references/remote_fallback.md。 当你需要按统一格式输出远程异常状态时，读取 ../../references/remote_status_template.md。 当你需要参考最终异常回复示例时，读取 ../../references/remote_status_examples.md。

首次使用项目初始化

本 skill 是 OneScience 体系的用户入口，负责对用户无感地完成项目级运行配置初始化。

每次处理用户请求时，先检查当前用户项目根目录是否存在 onescience.json：

• 如果不存在，自动从 ./assets/onescience.default.json 生成一份到项目根目录 onescience.json。
• ./assets/onescience.default.json 必须保持与项目级 onescience.json 相同的基础字段结构，至少包含 runtime.backend_id、runtime.remote、runtime.target、runtime.environment、runtime.cluster、runtime.modules、runtime.conda、runtime.resources、runtime.script。
• 不要要求用户先输入“初始化当前项目”之类的提示词。
• 不要在生成前打断用户确认；这是 OneScience 项目配置的默认初始化行为。
• 如果项目根目录已经存在 onescience.json，不要覆盖，不要重写用户配置。
• 生成后可以在最终输出中简短说明“已初始化项目级 onescience.json”，但不要把这变成用户必须参与的交互流程。
• 自动生成 onescience.json 只表示配置文件存在；其中队列、分区、conda 环境、脚本路径等字段仍应在真正进入 onescience-runtime 前结合硬件画像和用户项目上下文校正。

tpl.slurm 不需要由 workflow 初始化；项目缺失模板时，onescience-runtime 会使用自身 assets/tpl.slurm 作为只读模板兜底。

Catalog 协作

1. 若任务上下文已包含 selectedPrimitiveIds，视为 UI 已绑定原语，跳过 catalog_search(kind=primitive)，直接要求下游 catalog_resolve。
2. 若用户要接入数据集、模型、应用或能力资产，且尚未绑定原语，优先触发 catalog_search(kind=primitive)，选中后再 catalog_resolve(part=location|contract) 并写入任务上下文。
3. <available_skills> 仍优先于 catalog_search(kind=skill)；仅当名单无法满足意图或语义模糊时再搜索 skill。
4. Catalog 只负责发现与摘要；正文加载仍通过 skill tool，原语细节通过 catalog_resolve。

工作流层原则

1. 用户先表达“要做什么”，不要强迫用户先表达“我是谁”。
2. 顶层先识别任务工作流与领域画像，再进入内部角色层。
3. domain 负责补充领域语义，role 负责职责决策，skill 负责执行。
4. 只有在真正需要代码、运行、安装、验证时，才继续下钻到 onescience-role 与 onescience-skill。
5. next_skill 只表示当前这一跳应进入哪个内部 skill，不表示整条链路未来可能用到的所有 skill。
6. 当用户明确说“先不要写代码”“只告诉我技能路线”“先做规划”“先看怎么走”时，当前路由必须停在规划层；不要把未来可能进入的 onescience-coder、onescience-runtime 或其它执行 skill 误写成当前 next_skill。
7. 在规划阶段或用户尚未授权实现、运行、提交、安装时，只输出当前所在层、当前下一跳和最多一个未来执行入口；不要展开 onescience-skill -> onescience-coder -> onescience-runtime -> onescience-installer 这类完整 pipeline。

你要做的事

• 识别用户真实目标
• 在项目首次使用时自动初始化 onescience.json
• 识别领域画像
• 选择最小工作流
• 产出给角色层的交接摘要
• 指定下一步进入哪个内部 skill
• 区分“当前下一跳”和“后续可能进入的执行入口”

默认下钻规则

• 只是工作流设计、需求拆解、阶段梳理：停留在本 skill
• 需要进入内部职责决策：转交给 onescience-role
• 需要真正执行：默认先走 onescience-role -> onescience-skill
• 当用户要求“只看路线 / 先不写代码 / 先做规划”时，即使未来会进入 onescience-coder，当前 next_skill 也应先保持为 onescience-role
• 涉及远程环境事实：要求后续执行层优先进入 onescience-runtime 或 onescience-installer
• 规划阶段不要把 onescience-skill、onescience-runtime、onescience-installer 提前列为 pipeline 阶段；除非用户明确要求验证、运行、提交或安装

输出要求

至少给出：

1. user_intent
2. detected_domain
3. workflow_type
4. domain_route
5. domain_task_family
6. task_method（如适用，例如 paper2code）
7. paper_source（论文复现任务适用）
8. stage_intent
9. planning_only
10. why_this_workflow
11. workflow_handoff
12. next_skill

其中：

• next_skill 只表示当前立即进入的下一跳
• 若当前只是规划阶段，可以在 workflow_handoff 中说明未来可能进入的执行入口，但不要把它们写成当前 next_skill
• 规划阶段的推荐输出是 current_layer、next_skill、future_execution_entry；future_execution_entry 最多列一个最可能入口
• domain_route 只表达真实科学领域路线，domain_task_family 只表达粗任务族，task_method 表达横向方法；具体角色链、任务桶、coder assets 和模型兼容性由 onescience-role 继续细化
• 论文复现任务特别说明：当识别到 task_method=paper2code 时，next_skill 应为 onescience-role（需要角色层进一步细化角色链和交接物），而不是直接跳到 onescience-skill 或 onescience-paper-repro；执行入口应在 workflow_handoff 中标注为 future_execution_entry=onescience-paper-repro

如果请求涉及远程环境缺失、远程描述模糊或运行前置条件不足，再额外给出：

1. status
2. recognized
3. missing
4. can_continue_locally
5. next_action

禁止事项

• 不要要求用户先按内部角色名重新描述问题
• 不要把领域模板直接写死成底层执行代码
• 不要绕过 onescience-role 直接把职责抽象塞进执行层
• 不要在用户只是做规划时就拉起完整执行链
• 不要把“未来可能进入的执行 skill”误当成“当前立即进入的 next_skill”
• 不要在规划阶段输出完整闭环 pipeline