生信统计与可视化

使用边界

用于统计方法选择、图表设计和解释框架。具体 assay 的流程仍由对应 workflow skill 主导。

推荐内容

• 多重检验：BH-FDR、family-wise、independent filtering。
• 组间比较：t/Wilcoxon、negative binomial、linear model、mixed model。
• 降维：PCA、UMAP、t-SNE，说明输入是否 normalized/scaled。
• 聚类：hierarchical、k-means、Leiden，说明距离和 resolution。
• 生存分析：Kaplan-Meier、Cox、censoring、covariates。
• 可视化：volcano、MA、heatmap、dotplot、ridge、violin、QC dashboard。

交接物

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禁止事项

• 不要把相关性解释成因果。
• 不要在样本量不足或设计混杂时输出过强结论。
• 不要隐藏过滤阈值和多重检验方法。