样本表与元数据设计

可复用资源

• onescience-coder/assets/bio_table_templates/generic_samplesheet.csv：通用 FASTQ 样本表模板，包含 sample、library、lane、condition、batch、fastq_1、fastq_2。

具体 pipeline 若有自己的 samplesheet schema，优先使用 pipeline-specific 模板；否则以该模板为起点。

推荐流程

1. 明确 pipeline 需要的必填列。
2. 统一样本命名：sample、library、lane、replicate、patient、condition、batch。
3. 记录文件路径：fastq_1、fastq_2、bam、vcf、matrix、metadata。
4. 统计设计字段：condition、batch、sex、age、timepoint、paired/blocking factor、contrast。
5. 校验：路径存在、paired-end 匹配、重复 sample ID、缺失 metadata、非法字符。
6. 输出 CSV/TSV 样本表、data dictionary、contrast table。

交接物

bio_task_family: samplesheet-metadata
target_workflow:
required_columns:
sample_id_rules:
file_columns:
design_columns:
contrast_plan:
validation_checks:
expected_outputs:
execution_entry:

禁止事项

• 不要把 biological replicate 和 technical replicate 混同。
• 不要在设计矩阵中放入完全混杂的 batch/condition 而不标记风险。
• 不要用相对路径提交远程 workflow，除非运行目录已明确。