蛋白质组与代谢组数据库

使用边界

用于查找、下载或交叉链接蛋白质组/代谢组公共数据和谱库证据。若任务是实际处理 mzML 或做差异丰度，读取 ../../workflows/proteomics-metabolomics/SKILL.md 或 ../../analysis-tools/mass-spectrometry-toolkit/SKILL.md。

可复用资源

• onescience-coder/assets/bio_knowledge_templates/omics_database_query.yaml：研究、物种、组织、仪器、文件类型、代谢物/肽段字段模板。
• references/proteomics_metabolomics_sources.md：常用数据库、可返回字段和下载边界。

推荐流程

1. 明确查询目标：dataset、raw files、mzML、peptide PSM、protein evidence、metabolite、spectral match。
2. 标准化 ID：UniProt、peptide sequence、USI、InChIKey、HMDB ID、RefMet name、study accession。
3. 设过滤：organism、tissue、disease、instrument、assay type、quant method、sample count。
4. 输出：dataset accession、file URLs、metadata fields、license/access、版本日期和下游处理入口。

交接物

database_family: proteomics-metabolomics
query_object:
identifier_type:
databases:
filters:
return_fields:
download_plan:
downstream_skill:
execution_entry:

禁止事项

• 不要把谱库匹配等同于已确认代谢物身份；必须说明 identification level。
• 不要下载大规模 RAW 文件前跳过文件大小、许可和存储计划。
• 不要混用 peptide evidence、protein inference 和 quantification evidence。