OneScience 蛋白结构预测模型

模型分流

• AlphaFold：AF2-style JAX/Haiku 推理，FASTA + MSA/template feature pipeline。
• 锚点：examples/biosciences/alphafold、src/onescience/flax_models/alphafold
• OpenFold：AF2-style PyTorch，训练/推理/微调，OpenFold batch dict。
• 锚点：examples/biosciences/openfold、src/onescience/models/openfold
• AlphaFold3：AF3 JAX 生物分子结构预测，JSON、data pipeline、JackHmmer/MMseqs。
• 锚点：examples/biosciences/alphafold3/run_alphafold.py
• Protenix：PyTorch AF3 风格复合物结构预测，可训练复现，Protenix/AF3 feature dict。
• 锚点：examples/biosciences/protenix/runner/inference_unified.py、src/onescience/models/protenix
• SimpleFold：flow matching 折叠，FASTA 推理、mmCIF 数据处理、Torch/MLX 后端。
• 锚点：examples/biosciences/simplefold、src/onescience/models/simplefold

输入协议检查

• AF2 路线：FASTA、MSA、template features。
• AF3/Protenix 路线：JSON、MSA、CCD/ligand、feature dict、diffusion sampling。
• OpenFold：OpenFold AF2 batch dict，不等于 Protenix feature dict。
• SimpleFold：FASTA 或 tokenized structure data、feats dict、flow matching 设置。

交接物

bio_task_family: onescience-bio-model
onescience_model_family:
task_mode: inference | training | finetuning | module-change | debug
input_protocol:
input_files:
checkpoint_or_weight_source:
example_entry:
source_anchors:
coder_assets_to_read:
execution_entry: onescience-skill -> onescience-coder

禁止事项

• 不要只写“结构预测模型”，必须命名具体模型族。
• 不要把 AlphaFold3 JSON 直接传给 OpenFold。
• 不要把 Protenix 的 ligand/CCD/MSA 需求省略。