转录后调控分析流程

使用边界

用于 RNA 加工、翻译、RNA binding、RNA modification 和剪接相关分析。若是普通 bulk RNA-seq 差异表达，读取 ../rnaseq-differential-expression/SKILL.md。

可复用资源

• onescience-coder/assets/bio_workflow_templates/post_transcriptional_plan.yaml：assay、样本、参考、关键 QC、分析分支和输出模板。
• references/post_transcriptional_methods.md：splicing、Ribo-seq、small RNA、CLIP、m6A 的方法边界。

推荐流程

1. 明确 assay：rMATS/MAJIQ splicing、Ribo-seq、small RNA-seq、CLIP/eCLIP/iCLIP、MeRIP-seq、direct RNA modification。
2. 预处理：adapter trimming、read length、rRNA/tRNA contamination、alignment strategy、dedup/UMI。
3. 分析分支：

• Splicing：junction reads、PSI、event type、sashimi plot。
• Ribo-seq：P-site offset、3-nt periodicity、ORF calling、translation efficiency。
• small RNA：size distribution、miRNA annotation、isomiR、differential abundance。
• CLIP：crosslink site、peak calling、motif、target annotation。
• m6A/RNA modification：IP/input、peak calling、metagene、stoichiometry 或 reactivity。

1. 输出：event/peak/modification table、QC figures、track files、可视化和解释边界。

交接物

bio_task_family: workflows
assay_or_pipeline: post-transcriptional-regulation
assay:
input_reads_or_matrix:
reference_annotation:
sample_metadata:
qc_checkpoints:
analysis_branch:
expected_outputs:
downstream_links:
execution_entry:

禁止事项

• 不要把差异表达直接解释为差异剪接或翻译效率变化。
• CLIP/MeRIP 必须区分 input/control 和 biological replicate。
• Ribo-seq 必须检查周期性和 P-site offset 后再解释 ORF/翻译。