群体遗传、系统发育与进化基因组学范畴路由

当用户目标是从变异、序列比对或基因组比较中解释群体结构、亲缘关系、演化过程或传播关系时，使用本范畴。若任务只是 VCF 格式修复，优先进入 ../data-foundation/variant-interval-files/SKILL.md。

具体 skill 路由

• Newick/Nexus、IQ-TREE/RAxML/BEAST、模型选择、bootstrap、rooting、tree figure：读取 ./phylogenetics-tree-analysis/SKILL.md
• PLINK/scikit-allel、GWAS、PCA/admixture、LD、Fst/Tajima's D/iHS/XP-EHH、Manhattan/QQ：读取 ./population-genetics-gwas/SKILL.md
• ortholog、synteny、positive selection、dN/dS、HGT、ancestral reconstruction、annotation transfer：读取 ./comparative-genomics-evolution/SKILL.md
• haplotype phasing、genotype imputation、reference panel、imputation QC、polygenic risk handoff：读取 ./phasing-imputation-prs/SKILL.md
• pathogen outbreak、SNP distance、lineage/cluster、time-resolved tree、metadata reconciliation、surveillance report：读取 ./pathogen-genomic-surveillance/SKILL.md

交接规则

输出时至少整理：

• evolution_task
• input_data_type
• taxon_or_population
• reference_or_alignment
• sample_metadata
• statistical_model
• qc_checkpoints
• interpretation_limits
• execution_entry

禁止事项

• 不要混淆样本亲缘、群体结构、系统发育树和传播链；它们的证据模型不同。
• 不要在未说明参考面板、基因组 build、群体来源或采样时间时解释 GWAS/填补/传播结果。
• 不要把 bootstrap、posterior probability、SH-aLRT、concordance factor 当成同一种支持度。