OneScience 小分子设计模型

使用边界

用于 OneScience 中 MolSculptor 相关模型任务。若用户只是计算描述符、相似性或 SMARTS 过滤，进入 analysis-tools/cheminformatics-toolkit。

OneScience 锚点

• examples/biosciences/molsculptor/inference
• examples/biosciences/molsculptor/training
• examples/biosciences/molsculptor/cases
• src/onescience/flax_models/MolSculptor

输入协议

• SMILES 或分子图特征。
• autoencoder latent。
• diffusion transformer config。
• reward/optimization 依赖，如 QED、SA、LogP、docking score 或 case-local reward。

交接物

bio_task_family: onescience-bio-model
onescience_model_family: MolSculptor
task_mode: inference | training | optimization | case-adaptation | module-change
input_protocol:
compound_source:
reward_definition:
checkpoint_or_weight_source:
source_anchors:
coder_assets_to_read:
execution_entry: onescience-skill -> onescience-coder

禁止事项

• 不要把蛋白质 datapipe 或 AF3 feature dict 复用于 MolSculptor。
• 不要把 RDKit 描述符任务误判为 MolSculptor 模型任务。
• 不要把 docking/reward 分数直接解释为药效。