液体活检 cfDNA/ctDNA 分析

使用边界

用于 plasma cfDNA/ctDNA 的检测、定量和纵向监测。若是普通 tumor/normal WES 变异分析，优先读取 ../../workflows/variant-calling-interpretation/SKILL.md。

可复用资源

• onescience-coder/assets/bio_table_templates/liquid_biopsy_panel.yaml：panel、UMI、深度、目标突变、纵向采样和输出模板。
• references/ctdna_detection_limits.md：低 VAF、CHIP、UMI、tumor fraction、fragmentomics 和 MRD 边界。
• onescience-coder/assets/bio_table_qc_tools/ctdna_vaf_panel.py：从目标位点 read count 表计算 VAF 和低深度/低 alt count flag。

推荐流程

1. 明确 assay：targeted panel、WES、sWGS、cfMeDIP/bisulfite、fragmentomics。
2. 预处理：adapter trimming、短片段优化比对、UMI consensus、duplicate/error suppression。
3. 变异或负荷：low-VAF caller、targeted mutation tracking、ichorCNA/tumor fraction、methylation/fragment features。
4. 过滤：depth、alt count、strand/UMI family、panel of normals、CHIP gene、germline contamination。
5. 纵向分析：baseline、nadir、molecular response、relapse signal、采样间隔和置信区间。
6. 输出：mutation/VAF table、tumor fraction、QC、trend plot、临床审核边界。

交接物

bio_task_family: translational-biomarker
translational_task: liquid-biopsy-ctdna
assay:
sample_series:
panel_or_targets:
umi_strategy:
qc_thresholds:
variant_or_burden_method:
chip_and_germline_filter:
longitudinal_interpretation:
expected_outputs:
execution_entry:

禁止事项

• 不要把 <0.1 percent VAF 的信号当成可靠阳性，除非给出经过验证的 UMI/error model。
• 不要忽略 CHIP、白细胞对照和 germline 过滤。
• 不要把研究型 MRD 趋势写成临床诊疗建议。