实验室仪器数据标准化

可复用资源

• onescience-coder/assets/bio_lab_quality_tools/convert_to_asm.py：把仪器文件转换为结构化 ASM JSON 的主入口。
• onescience-coder/assets/bio_lab_quality_tools/flatten_asm.py：把 ASM JSON 展平为二维 CSV。
• onescience-coder/assets/bio_lab_quality_tools/validate_asm.py：校验 ASM JSON 字段、单位、技术类型和计算数据溯源。
• onescience-coder/assets/bio_lab_quality_tools/export_parser.py：导出可交给数据工程的解析器代码。
• references/field_classification_guide.md：区分 raw measurement、calculated value、metadata、settings。
• references/asm_schema_overview.md：ASM schema 结构概览。
• references/flattening_guide.md：展平规则。
• references/supported_instruments.md：支持仪器类型。

需要生成可运行转换时，先读取 field classification，再把 coder 资产路径写入 handoff_artifacts；role 层不直接运行脚本。

推荐流程

1. 明确仪器类型、文件格式、原始测量和计算字段。
2. 分离 raw measurement、metadata、instrument settings、calculated values。
3. 建立字段映射：sample、well、time、unit、method、operator、batch。
4. 输出结构化 JSON/CSV 和解析说明。
5. 需要生产化时，交给 data-engineer 生成可维护 parser 和验证规则。

交接物

task_context: lab-instrument-standardization
instrument_type:
input_files:
raw_measurements:
calculated_fields:
metadata_fields:
target_schema:
validation_rules:
deliverable:
execution_entry:

禁止事项

• 不要把计算值伪装成原始测量。
• 不要在单位不明时自动换算。
• 不要丢失样本、孔位、批次和仪器设置。